С точки зрения действующего законодательства в сложившейся ситуации речь идет о добросовестности поведения участников гражданского оборота. Согласно ст. 10 ГК РФ добросовестность участников гражданского оборота предполагается, пока не доказано иное. В соответствии со ст. 614 ГК РФ арендная плата может начисляться различными способами, в том числе подразумевающими уплату фиксированной ставки за квадратный метр вместе с процентом от выручки. Если рассматривать сложившуюся ситуацию исходя из приведенных данных, разница в величине арендной платы, скорее всего, состоит именно в «проценте с выручки» и методике ее расчета.
Таким образом, в отсутствие урегулирования в порядке переговоров имеет смысл обратиться за судебным урегулированием сложившейся ситуации.